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格里芬谨慎地说,“冷冻电子断层扫描对样本制备要求极高,图像信噪比低,数据处理复杂……”
“我们可以试试。”
杨平拍板,“陆小路,这个方向由你负责,多与格里芬交流,先从少量细胞开始摸索条件。”
“是,教授。”
陆小路认真点头。
格里芬非常兴奋,他的意见得到杨教授的认可,这可是他进修史上可以吹牛的高光事件。
安排完结构解析的工作,杨平转向另一个难题:“即使有了结构,设计k因子也是个挑战。
传统的抗体或小分子都难以满足要求,抗体太大,难以穿透肿瘤基质;小分子特异性不够,容易脱靶。”
“也许可以借鉴自然界的灵感。”
宋子墨若有所思,“教授,还记得您之前提到过的分子胶水概念吗?某些天然化合物能够将两个原本不结合的蛋白拉在一起。
如果我们能找到或设计一种分子,能特异性地将胰腺癌细胞的身份锁和免疫细胞的杀伤受体粘在一起……”
杨平沉思片刻:“k因子与这些事完全不同的理论,在k疗法没有铺开之前,我们不是一直在寻找新的k因子吗?一无所获!
现在我们已经找到胰腺癌的身份锁,按照我们在骨肉瘤的研究成果来看,这个身份锁一定对应一把钥匙,这把钥匙一定存在,只是我们没找到而已,这部分工作我来做吧。”
教授要亲自出手了?疫苗的增强子x-2的研究过程尚历历在目,教授可是带着几个刚毕业的博士突破重重困难,让x-2惊艳亮相。
现在教授亲自研究针对胰腺癌的k因子?是不是说明这事已经成功了一半?宋子墨的直觉是这样的。
……深夜十一点,研究所实验大楼里大部分灯已经熄灭,只有结构生物学实验室的灯还亮着。
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陆小路站在冷冻电镜控制台前,眼睛盯着屏幕上不断刷新的数据流。
他已经连续工作了十四小时,但精神依然高度集中。
样本制备比预想的顺利,他采用了一种改良的低温固定方法,最大限度地保留了细胞膜蛋白的天然状态。
屏幕上,经过初步处理的断层扫描图像逐渐清晰。
无数细胞器的轮廓中,细胞膜上分布着一些明显的颗粒状结构,那是用spytag标记的panc-id1复合物。
“分辨率初步估计在20埃左右。”
格里芬的声音从身后传来,他端着两杯咖啡走过来,“够看见大致的形状和聚集状态,但要看清结合界面,至少需要10埃以下。”
陆小路接过咖啡,说了声谢谢:“第一轮数据收集完成,接下来是三维重构和分类。
我写了个新的图像对齐算法,也许能提升信噪比。”
“你还会写算法?”
格里芬有些惊讶。
陆小路难得地露出一丝微笑:“在德国的时候,我辅修了计算生物学,结构生物学现在就是一半实验、一半计算。”
两人并排坐在工作站前,陆小路调出他编写的程序界面,代码简洁高效,注释清晰,显示出扎实的计算机科学功底。
“这个聚类算法很有创意。”
格里芬仔细阅读后评价,“你不仅按形状分类,还加入了局部膜曲率和邻近蛋白分布作为特征,这样能更好地区分真实的信号和噪音。”
“膜蛋白的功能往往受微环境影响。”
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