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张林兴冲冲地离开实验室后,杨平将注意力转回大屏幕上的“身份图谱”
。
即使这真是胰腺癌的共性靶点,设计出能精确识别它的k因子也非常难,更别说还要保证新的k因子的安全性、特异性、递送效率……”
杨平分析道:“现在我们面临几个技术难关——蛋白复合物的三维结构解析;基于该结构设计具有高亲和力与特异性的k因子;k因子在体内的稳定性与递送系统。
设计k因子是最难的,虽然我们有现在的k因子做参考这也是一件难度极大的工作。”
教授都说难,那真的难。
“结构解析可以交给我。”
陆小路主动请缨,“我们研究所不是刚刚安装了冷冻电镜嘛,300kv的titankrios,配套了最新的直接电子探测器,如果样本准备得好,理论上可以解析到近原子分辨率。”
“需要多少样本?”
宋子墨问。
“纯化后的蛋白复合物,至少需要05毫克,纯度要在95以上。”
陆小路报出数字。
唐顺倒吸一口凉气:“从胰腺癌细胞里纯化出05毫克膜蛋白复合物?这得培养多少细胞?”
“至少……500升培养规模。”
徐志良迅速心算,“而且……膜蛋白纯化得率通常低于1,实际……需要更多。”
“按常规速度这起码要两个月才行,不过使用我们的扩增技术可以加快培养速度,你们将样本细胞取来交给我,我来培养,培养细胞是我们的老本行。”
唐顺接来培养细胞的工作。
“也许有另一种思路可以节约时间,让观察立即开始。”
一直沉默的格里芬突然开口,他的中文很流利。
所有人都看向他。
格里芬走到白板前,拿起笔:“我在美国时参与过一项非传统结构解析的工作。
当时我们面对的是一个极难纯化的膜受体,最后采用了原位结构解析的方法,不是纯化蛋白,而是在接近天然状态的细胞膜上直接观察。”
他画了个简单的示意图:“具体来说,我们将目标蛋白标记上金纳米颗粒,通过低温电子断层扫描技术,对完整细胞的局部区域进行三维成像。
虽然分辨率达不到原子级别,但足以看清蛋白的大致构象和关键相互作用界面。
有了这些信息,就可以用计算模拟的方法补全原子细节。”
“这方法有先例吗?”
宋子墨问。
“2019年《自然》上有篇论文,解析了细胞突触中nda受体的原位结构,分辨率到了45埃。”
杨平准确引述,“关键在于标记技术和图像处理算法。
金标记可能会干扰蛋白天然构象,我们现在有更好的选择——基因编码的迷你标签,比如alfa-tag或spytag,可以共价结合特异的纳米标记物,干扰更小。”
格里芬没想到杨教授居然对这种偏门论文都有过涉猎,他的知识面这么广。
陆小路的眼睛亮了起来:“如果能在癌细胞原位看到这个身份锁的结构,不仅能指导k因子设计,还能验证它在真实肿瘤微环境中的状态,这比纯化后可能失活变性的蛋白更有意义。”
“但技术难度很大。”
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